中国称该条约为“清朝做了让步的平等条约”，俄罗斯（包括苏联时期）则认为是不平等条约，声称俄罗斯帝国在《瑷珲条约》中收复了在《尼布楚条约》中被中国人强占的失地。[21]
中方评价
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闻一多在他的《七子之歌》中认为《尼布楚条约》是个不平等条约：“……吾国自《尼布楚条约》迄旅大之租让，先后丧失之土地，失养于祖国，受虐于异类，臆其悲哀之情，盖有甚于《邶风》之七子……”。
1930年北平文化学社印行的《中国国耻地理》一书中也曾认为尼布楚条约为不平等条约。[22]中俄《尼布楚条约》承认黑龙江和乌苏里江流域包括库页岛在内的广大地区是中国领土，遏止了俄国继续向南扩张。清政府获得雅克萨之战胜利后，为了和平发展虽做出了一些让步，但该条约更主要是维护了中国领土主权完整。俄方通常认为尼布楚条约不利于俄国，对俄而言是不平等条约，而认为后来的《瑷珲条约》和《北京条约》是对俄真正平等的条约。
清史专家戴逸说：“《尼布楚条约》保障了中国东北边境一百多年的安定和平，为清王朝后来平定西北、西南地区的叛乱提供了稳定富饶的大后方，对于清朝的发展和繁荣、康乾盛世局面的出现，具有非常关键的作用和非常重要的历史意义。”
复旦大学历史地理研究所教授侯杨方指出，当时在尼布楚地区游牧的是蒙古布里亚特部落，他们在当时并不属于清朝，清朝也从未对当地实行过有效统治，否定了“清朝割让了领土给俄罗斯”的说法。他亦指出，条约签订时，喀尔喀蒙古也不属于清朝[23]。
刘远图在《早期中俄东段边界研究》中认为，《尼布楚条约》规定的待议地区并非当前通常认为的一小块，而是勒拿河以东直到白令海峡，外兴安岭以北直到北冰洋的广大区域，认为当前一般认为的“待议地区”实际上是俄方在玩弄文字游戏，并指出在条约签订后的康熙二十九年（1690年），清朝组织大规模巡边，直到勒拿河沿岸的雅库茨克，与俄方会见并警告其勿在待议地区滋生事端。[24]
俄方评价
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俄方认为俄国以失去大片领土的代价与清代中国达成了和解，由于签署了《尼布楚条约》，导致从来不属于中国的阿穆尔河上游左岸和额尔古纳河右岸大片俄罗斯的土地被划归中国。俄罗斯远东考察家涅维尔斯科伊认为，被迫签署《尼布楚条约》，对俄国人而言是“悲惨的结局”[25]。
其他评价
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美国历史学家斯塔夫里阿诺斯在《全球通史》中说，“（《尼布楚条约》）是中国与欧洲一大国签订的第一份条约；由于中国代表团有耶稣会传教士任翻译人员，条约用拉丁语拟定。边界确立在沿阿穆尔河以北的外兴安岭一线上，所以，俄罗斯人不得不完全地从有争议的流域地区撤走”，“以后170年中，俄罗斯人一直遵守条约规定，停留在阿穆尔河流域以外的地区。”